中央空調停運后，冷卻水系統和冷凍水系統的清洗可用采取單臺設備清洗方式或全系統清洗方式。但無論是單臺設備清洗還是全系統清洗，一般都使用清洗槽和清洗泵將單臺設務或原系統(可使用原系統的水泵)構成一個閉合回路進行循環清洗。
清洗一般按下列程序進行。滅藻清洗、堿洗、封存、(中)鈍化、堿洗后水沖洗、運行、(中和)預膜、酸洗、漂洗、酸洗后水沖洗、水沖洗(檢漏)
中央空調因其強大的功能而日益流行，同時具有冷暖空調功能的同時，還能調節空氣。目前選擇中央空調的家庭已經有很多，但由于對中央空調不熟悉，很多人還沒有注意到它的清洗和保養。中央空調長時間運行，管道、過濾器、換熱面表面集聚污物可能會造成"帶病工作"，使系統換熱效率降低，通風阻力增大，降低空調工作質量，增加不必要能耗，大大提高系統運營成本。
冷水機組的開、停機順序：
要保證空調主機啟動后能正常運行，必須保證：
冷凝器散熱良好，否則會因冷凝溫度及對應的冷凝壓力過高，使冷水機組高壓保護器件動作而停車，甚至導致故障。
蒸發器中冷水應循環流動，否則會因冷水溫度偏低，導致冷水溫度保護器件動作而停車，或因蒸發溫度及對應的蒸發壓力過低，是冷水機組的低壓保護器件動作而停車，甚至導致蒸發器中冷水結冰而損壞設備。
冷水機組的操作分為開機前、啟動、 正常運行、 停機四個步驟
開機前
（1）確認機組和控制器的電源已接通。
（2）確認冷卻塔風機、冷卻水泵、冷水泵均已開啟。
（3）確認末端風機盤管機組均已通電開啟。
啟動
（1）按下鍵盤上的狀態鍵，然后將鍵盤下面的機組ON/OFF（開/關）撥動開關切換到接通（ON）的位置。
（2）機組將作一次自檢，幾秒鐘后，一臺壓縮機啟動，待負荷增加后另一臺壓縮機啟動。
（3）一旦機組啟動，所有的操作均未自動的。機組根據冷負荷（冷凍水供回水溫度）的變化自動啟停。
正常運行
（1）機組正常運行，控制器將監控油壓、電機電流和系統的其它參數，一旦出現任何風冷式冷水機與水冷式冷水機的問題，控制系統將自動采取相應的措施，保護機組，并將故障信息顯示在機組屏幕上。
（2）在每24小時的運行周期內，應有專人以固定的時間間隔性記錄機組運行工況。
停機
（1）只要將鍵盤下面的機組ON/OFF撥動開關切換到斷開的位置，就可以使機組停機。
（2）為了防止出現破壞，即使在機組停機時，也不要切斷機組的電源。
