檔案銷毀是將已失去保存價值的檔案材料以特定的處理方式改變正常的物理載體形式，從而使其所攜帶的信息無法被還原的過程。
檔案銷毀清冊：
凡需銷毀的檔案，必須編制銷毀清冊。銷毀清冊是準備剔除銷毀的檔案的登記簿，也是日后查考檔案銷毀情況的憑據。
檔案銷毀清冊封面上的項目有：全宗號、全宗名稱、立檔單位名稱、編制檔案銷毀清冊單位名稱和編制時間等。
銷毀檔案登記欄是檔案銷毀清冊的主要部分，其主要項目有：序號、案卷或文件題名、起止日期、號碼(案卷目錄號、案卷號或文件字號)、數量、銷毀原因備考等。具體項目可以根據具體情況進行增減。一般是以案卷為單位登記，必要時，也可以按文件登記。
檔案銷毀清冊應以全宗為單位編制，每一清冊至少應一式兩份，一份留檔案館(室)，一份送有關領導審查批準，如果要報檔案行政管理部門備案，則需一式三份。
檔案銷毀方式：
檔案可以送到指定造紙廠化成紙漿，這是銷毀大批量紙質檔案為常用的一種方式；數量少而又具有機密性的檔案應當先用碎紙機打碎再作處理；以磁帶磁盤、光盤等為載體的檔案，可以采用物理刪除、格式化或焚燒等方式銷毀。無論采取何種方式進行銷毀，都必須嚴格堅持兩人以上監銷的原則。監銷結束，監銷人員須在銷毀清冊上簽字，并注明“已銷毀”字樣和銷毀方式、銷毀日期。已經銷毀的科技檔案，應在目錄上注銷,并對排列順序進行相應調整。
保管期滿但未結清的債權債務會計憑證和涉及其他未了事項的會計憑證不得銷毀,紙質會計檔案應當單獨抽出立卷,電子會計檔案單獨轉存,保管到未了事項完結時為止。單獨抽出立卷或轉存的會計檔案,應當在會計檔案鑒定意見書、會計檔案銷毀清冊和會計檔案保管清冊中列明。
在檔案文件銷毀過程中，人員的和環保意識也至關重要。需要加強對相關人員的培訓和管理，確保其了解銷毀過程可能產生的危險和應對措施，以及合理使用和排放化學品等資源。
總之，檔案文件銷毀是一項至關重要的工作，必須采取科學、、環保的方法進行。選擇合適的銷毀方式、加強人員管理和培訓、注重環保和是實現檔案文件銷毀的關鍵。