投標保函辦理手續費（銀行保函）得根據辦理方式來定，如果企業自己去銀行辦理，交全額保證金，然后按照季度交手續費，大概在幾百塊不等，還有一種方式是通過占用第三方擔保公司在銀行的額度出的保函（分離式保函），這種保函跟企業自己去出保函效果一樣，出的保函上不體現擔保公司，只體現受益人、申請企業、項目名稱、保函金額和期限等信息，這種費用也是幾百塊，但是不用交保證金。
商業保函指的是，除了銀行以外，由其他商業機構出具的保函，一般出具保函的公司都是專業的擔保機構或商業機構的信用擔保。
商業保函也是包括了很多種的，比如預付款保、農民工工資支付保函、質量保函、投標保函、履約保函等，這些都是屬于商業保函。
商業保函的費用相對于銀行辦函要便宜很多，有的可能低于50%以上。這對于建筑企業來說，相對還是比較節約成本的。
商業保函與銀行保函有什么區別？
1、信用不同：銀行保函是由銀行直接出具的，屬于銀行信用，而商業保函是由專業的擔保機構或商業機構出具的，屬于商業信用。
2、用途不同：銀行保函多用于國際貿易，國內會比較少，屬于國際擔保業務，而商業保函多用于國內國家。
3、商業保函相對于銀行保函要簡單上許多，其不需要準備太多的資料，而且辦理速度快，費用也比較低。
4、商業保函的格式條款相對于會靈活一些，而銀行保函的格式就會比較嚴謹，不能隨意更改。
農民工工資保證金保函的意義：其主要目的是確保農民工工資得到按時足額支付。一旦出現拖欠工資的情況，該保函將作為支付保障，有效維護農民工的合法權益。
保函的替代作用：根據《保障農民工工資支付條例》的相關規定，工資保證金可以用金融機構保函替代。這意味著，施工總承包單位可以選擇通過獲取銀行保函的方式，來替代實際向銀行專戶存儲的工資保證金，從而優化資金使用，降低資金占用成本。
保函的專項用途：農民工工資保證金保函專項用于支付為所承包工程提供勞動的農民工被拖欠的工資。它確保了即使出現工程款項拖欠等問題，農民工的工資也能得到及時支付。