中國醫學科學院阜外醫院始建于1956年，是一所集醫療、科研、預防和人才培養于一體的三級甲等?？漆t院，是北京市醫保定點單位。
2021年8月，中國醫學科學院阜外醫院實驗診斷中心被評選為第20屆全國青年文明號。
2021年11月20日，入選2020年度中國醫院綜合排行榜。2021年12月3日，門頭溝區政府與中國醫學科學院阜外醫院簽署戰略合作框架協議，共同推動首批國家醫學中心阜外西山院區落地門頭溝。
大步向前的科研成績
建院68年來，阜外醫院共斬獲科研成果361項，其中國家科學進步獎（含全國科技大會獎）46項，部委級成果獎187項，獲國家專利713項，發表學術論文14192篇,出版專著341部。自1998年至2023年SCI收錄論文5403篇，全院發表在影響因子大于5的期刊（The Lancet《柳葉刀》、The New England Journal of Medicine《新英格蘭醫學雜志》、Circulation《循環》雜志等）論文2075篇。牽頭和參與了國家“七五”以來的心血管領域攻關項目126項和“973”、“863”、“十一五”、“十二五”、“十三五”、“十四五”等重大項目，獲得科研立項1805項。阜外醫院心血管病學、心血管外科學連續十年名列年度學科榜單首位。心血管病學、心血管外科學名列五年總科技量值(ASTEM)榜單首位。
開創中國心血管病防治事業
阜外醫院心血管病流行病學防治研究工作始于1959年。1978年建立了中國個心血管病流行病學研究室，是我國個從事心血管病流行病學和人群防治研究的專業研究室。2000年成立群體遺傳學及防治研究室，在我國心血管人群防治基礎上開拓了新的遺傳流行病學的發展領域。2004年9月衛生部心血管病防治研究中心落戶阜外，具體負責推動全國的心血管病防治和研究工作。2013年國家心血管病中心投入實質運營，軟硬件設施得到極大改善，心血管疾病防治工作站上了更高平臺。
國家區域醫療中心同質化建設
自2013年起，在國家衛生健康委及其他各部委、各司局及地方政府的大力支持下，阜外醫院充分發揮作用，陸續輸出建設云南省阜外心血管病醫院（以下簡稱“云南阜外”）、阜外華中心血管病醫院（以下簡稱“華中阜外”）和中國醫學科學院阜外醫院深圳醫院（以下簡稱“深圳阜外”）三家區域醫療中心。以同質化發展為目標，利用“傳幫帶”模式推進醫療、教學、科研、預防、管理等各方面能力和水平的提升。