北京兒童醫院技術力量雄厚。擁有重點學科兒科學，國家兒童腫瘤監測中心、國家呼吸系統疾病臨床醫學研究中心、國家中西醫協同旗艦醫院試點單位等12個平臺，8個國家臨床重點專科，5個北京市重點實驗室，2個北京市級研究平臺以及16個市級醫療中心。醫院設有疑難罕見病例會診中心和遠程會診中心，兒科疑難重癥疾病的診斷水平居國內地位，是中華醫學會兒科學分會、兒外科分會，中國醫師協會小兒外科醫師分會，中華護理學會兒科專業委員會主任委員單位。
肥胖(Obesity)是以體內脂肪積聚過多為主要癥狀的一種慢性營養障礙性疾病。兒童肥胖的發生不僅與遺傳因素有關，更與不健康生活方式密切相關，是以過度營養，缺乏運動，行為異常為特征，是環境因素與個體因素相互作用的結果。
隨著我國人民生活水平的提高，家長對孩子身高的關注度越來越高。矮小的診斷標準：身高低于同地區、同種族、同性別、同年齡身材正常兒童身高平均值兩個標準差，或者身高低于該人群兒童身高的第3百分位。導致身材矮小的原因眾多，生長缺乏癥、家族性矮小、體制性青春期延遲、先天性卵巢發育不全、甲狀腺功能減低、性早熟所致的矮小、早產兒、小于胎齡兒、嚴重的佝僂病和骨骼發育畸形以及多種慢性疾病所致的矮小、特殊矮小綜合征等均可引起矮小。另外，特發性的矮小不僅與遺傳因素有關，也與不健康的生活方式密切相關。
鞏純秀主要研究方向為兒童糖尿病領域，涵蓋兒童糖尿病流行病學研究、生存、代謝控制狀況及胰島素抵抗相關疾病范化研究。先天性高胰島素性/新生兒糖尿病臨床與遺傳學研究。性腺研究主要包括嬰幼兒乳房發育臨床監測、DSD病因學及Kallmann綜合征的基因學研究、小陰莖的、AAA綜合征的遺傳學研究、DSD患者體格發育研究、Silver Russule 綜合征遺傳學研究等。同時承擔研究生教學以及留學生英文教學。
