履約保函的風險源于承包人的違約行為，所以承包人防范的措施重點應該是認真履行合同義務并保留履約證據，防止違約行為發生。保留履約證據時應注意以下幾點：
承包人應采用書面形式與發包人、監理工程師溝通;其次所有涉及書面的文件必須履行簽字確認程序。這里包含兩個需要注意的問題：
一是簽字的人必須是合同中指定的發包人代表或項目監理工程師;
二是簽寫的時間必須是事件發生當時的時間，而不是簽字當天的時間;第三承包人必須熟記合同中規定的時間限制，并認真執行。
承包人接收到保函索賠通知后，應冷靜分析索賠原因，及時選擇合法途徑解決履約保函爭議。首先，應與保函當事人進行溝通。與發包人溝通，力爭消除雙方誤解，促使發包人撤回索賠文件或者放棄索賠權利。與擔保人溝通，要求擔保人嚴格審查索賠文件，合理謹慎地履行賠償義務。其次，以發包人為被告提起訴訟，并申請訴前或訴訟財產保全措施，請求法院裁定通知擔保人暫停保函項下賠付，待基礎合同糾紛解決后，視生效判決或裁定結果決定終是否賠付，以避免給擔保人或者承包人造成無法挽回的經濟損失。但由于我國現有法律并沒規定保函欺詐或不當索賠例外的規則，承包人只能依據民事訴訟法的相關規定提出上述請求，實踐中法院是否作出上述裁定，有待其具體裁量。
履約保證金強調的是保證招標方的利益或投資者的利益，這種保證既可由中標的承建商承擔，也可由第三方承擔，但須招標方認可方為有效，由此產生第三方承擔連帶責任，因此具有替代性。當中標人違約時，中標人的賠償責任由第三方承擔。 為了平衡招標方和中標方的利益，《工程建設項目施工招標投標辦法》第62條規定：“招標人要求中標人提交履約保證金或其他形式的履約擔保的，招標人應當同時向中標人提供工程款支付擔保。”
履約保證金必須游離在工程造價之外，只作為中標方違約時招標方損失的補償，招標人必須是具備招標能力的法人，其建設資金已經到位，不能把履約保證金作為工程造價的補充。因此，履約保證金具有獨立性，必須由雙方認可的機構負責收繳、儲存、執行和返還。
