申請流程（順利情況）：
1、形式審查： 申請遞交后給定申請號及確認申請時間。此階段，審查申請文件是否符合要求。
2、實質審查： 根據法律審查商標是否具有可注冊性，例如，是否具有顯著性。如果審查員認為商標不宜注冊，發出駁回通知。申請人可以在規定時間內予以答復。申請人也可以申請延時進行答復。
3、公告： 商標通過審查后，申請人會被告知商標申請已接納并刊登在商標公告上。任何人都可以在2個月的公告期內提出異議，并陳述理由及提交相關證據。
4、注冊核準： 經異議被裁定可以注冊的商標，或經公告沒有異議的商標將獲準注冊并下發注冊證。整個順利的申請過程（ 如果沒有駁回、異議等情況出現） 大概需要6 - 9個月。
日本接受商品商標、服務商標、系列商標、證明商標、集體商標、防御商標、顏色組合商標，立體商標、氣味商標和聲響商標的注冊申請。日本遵循《商標注冊用商品和服務國際分類尼斯協定》，34個產品分類類別，11個服務類類別。
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