據醫院官網2015年12月信息顯示，醫院設置165個臨床、醫技科室，233個護理單元，擁有8個國家重點學科、1個國家重點實驗室、20個省部級及全軍重點實驗室、33個全軍醫學專科中心和研究所，形成了以綜合診療為特色的13項專業優勢。同時是全軍重癥監護示范基地和中華護理學會的培訓基地。設有國際醫學中心和健康醫學中心，提供高端預防保健服務。醫院年門急診量490余萬人，收容19.8萬人，手術近9萬例。
2019年7月由科技部、國家衛生健康委、軍委后勤保障部和原食品藥品監管總局正式批準依托解放軍總醫院第五醫學中心成立國家感染性疾病臨床醫學研究中心。研究中心整合國內79家協作醫院，針對慢性乙肝、慢性丙肝、艾滋病及其相關疾病等病種，建立病程涵蓋臨床各個階段的大隊列，同時建立標準化的生物樣本庫、臨床診療信息庫及的疾病發病追蹤系統，形成涵蓋重大感染性疾病及各個病程的資源平臺，終建立我國規范的病毒性肝炎、艾滋病臨床大數據及生物樣本庫整合平臺，形成專業的管理團隊，為建立符合我國人群特點的肝病、艾滋病診療體系提供重要戰略性資源。
在學科帶頭人陳香美院士帶領下，腎臟病醫學部1993年獲批碩士學位授予點，1998年獲批博士學位授予點，1999年獲批博士后流動站，2007年獲批集內科學（腎病）國家重點學科、2008年獲批內科學（腎病）北京市重點學科。是國家衛健委、北京市住院醫師規范化培訓基地、專科醫師培訓基地，國家衛健委腹膜透析培訓示范中心，全軍野戰內科學教學基地，中華護理學會及北京市血液凈化專科護士培訓基地，全軍重癥監護專科護士培訓基地。
堅持臨床專科病理教學、理論授課、技能培訓、科主任教學查房、疑難病例討論，突出腎活檢病理、血液透析、腹膜透析、CRRT等專科特色。現有博士生導師7人，碩士生導師13人，進修生指導老師54人，指導“四生”教學任務，培養研究生（含聯合培養），博士后21人（6位獲得博士后基金）、博士169人、碩士233人，規培生、進行生600余人。其中20人擔任全國三級甲等醫院的學科帶頭人，
獲得軍隊博士論文1篇、碩士論文2篇，全國百篇博士論文提名1篇。畢業的學生獲得求是杰出青年獎1名、中國青年科技獎2名、原總后科技新星2名、北京市科技新星6名。
作為教學示范窗口，接待到訪國內外、軍內外專家100余次。
