1、分析和綜合的方法
分析就是把知識的一個整體分解成各個部分來進行考察的一種思維方法，綜合是把知識的各個部分聯合成一個整體來進行考察的一種思維方法，分析和綜合是生物學學習中經常使用的重要方法，兩者密切聯系，不可分割。只分析不綜合，就會見木而不見林;只綜合不分析，又會只見林而不見木。
2、比較和歸類的方法
比較是把有關的知識加以對比，以確定它們之間的相同點和不同點的思維方法。比較一般遵循兩條途徑進行：一是尋找出知識之間的相同之處，即異中求同;二是在尋找出了事物之間相同之處的基礎上找出不同之處，即同中求異。歸類是按照一定的標準，把知識進行分門別類的思維方法。
生物學習中常采用兩種歸類法：一是科學歸類法，即從科學性出發，按照生物的本質特性進行歸類;二是實用歸類法，即從實用性出發，按生物的非本質屬性進行歸類。
3、系統化和具體化的方法
系統化就是把各種有關知識納入一定順序或體系的思維方法。系統化不單純是知識的分門別類，而且是把知識加以系統整理，使其構成一個比較完整的體系。在生物學學習過程中，經常采用編寫提綱、列出表解、繪制圖表等方式，把學過的知識加以系統地整理。