林下種植草珊瑚，林地的上生物種類多，環境復雜，時有病蟲害發生，較常見的是草珊瑚炭疽病，部分地塊發現有蚜蟲和紅蜘蛛為害，但為害程度較輕。
(1)草珊瑚炭疽病草珊瑚炭疽病病原菌是黑線炭疽菌(Colletotrichum dematium)。發病初期在葉片上呈現圓形、橢圓形紅褐色小斑點，后期擴展成深褐色圓形病斑，中央則由灰褐色轉為灰白色，病斑邊緣有黃色暈圈，后病斑轉為黑褐色，并產生輪紋狀排列的小黑點。嚴重時一個葉片上有十多個至數十個病斑，后期病斑穿孔，病斑多時融合成片導致葉片干枯。病原菌也可侵染葉柄、莖部，通常會出現圓形或近圓形的病斑，呈淡褐色，其上生有輪紋狀排列的黑色小點，后期病斑部縊縮，葉柄或莖折斷。莖部染病，可產生與葉片上相似的癥狀，但多從葉腋處先發生，并向新生枝及主莖擴展，造成病部變褐，凹陷，病斑多為圓筒形或長橢圓形。嚴重時，病斑可以布滿莖表，并可串連成片，使莖的表皮呈黑褐色，嚴重影響養分的運輸，造成植株生長衰弱，部分病株枯死。
為減少炭疽病的發生及危害，應調節好種植地的蔭蔽度和通風條件，發現病株及時清除。發病時使用80％戊唑醇可濕性粉劑4000倍、25％咪鮮胺乳油3000倍、20％苯醚甲環唑乳油2000 倍等藥劑輪換防治，隔7天～10天噴施一次，連續3次。
（2）紅蜘蛛（Teftranychus nrticae Koch.）以幼蟲、成蟲先后在葉片及綠色嫩枝上為害，吸食汁液，受害后葉片、嫩梢呈現黃褐色的斑點，使頂芽和葉片枯萎死亡。防治辦法：剪除病蟲枝和枯枝，鏟除落葉枯枝并焚毀；選用20%乳油1000倍液或73%克螨特乳油1000倍液或用30%螨窩端乳油1000倍液、5%克大螨乳油2000倍液噴霧防治。
（3）蚜蟲（Macrosiphoniella sanhorni Gillette）以成蚜在地塊周圍灌木或遮蔭喬木的葉片上越冬，翌年春夏季多雨季節時卵孵化后為害植株，以成蟲和幼蟲為害新芽、新葉，造成皺縮、花葉、變黃、脫落，植株明顯發育不良，矮小，頂芽萎蔫。高溫多雨季節，溫度高于25℃，相對濕度60%~80%時發生嚴重。防治方法：？掛放黃色粘蟲板（50厘米×40厘米／板），平均每667m2掛放6塊，其懸掛高度為高于植株頂梢20～30厘米；在若蚜發生高峰期，交替使用各種無公害農藥防治，可選用0.36％苦參堿水劑1000倍液、１％印楝素乳油1000倍液和１％苦皮藤素乳油2000倍液等植物源殺蟲劑噴霧防治。用10％吡蟲啉可濕性粉劑1500-2000倍液或3%啶蟲脒可濕性粉劑2000倍液或50%抗蚜威3000倍液噴霧防治，每隔7-10天噴霧一次，連噴2-3次。
傳統的采收方法以采收全株為主，藥典所載也是以全株藥用，草珊瑚野生分布地多為肥沃疏松的土壤，且根系淺，易于連根拔起，這種采集方法對草珊瑚藥材資源是毀滅性的，是不可持續的。在人工栽培條件下，如采用采收全株的方法，也會大大增加種植年限和種植成本，而獲得的產量并無明顯增加。一般草珊瑚藥材根部重量約占全株重量的10%左右，如果采收植株地上部分，雖然產量稍低，但每年都有收成，又能降低生產成本，達到可持續生產的目的。
在人工栽培條件下，應在種植3年后采收藥材為好，草珊瑚藥材有效成分異嗪皮啶含量在9月和10月較高，因此草珊瑚藥材采收時間在每年的9月～11月份較適宜。在廣西的自然條件下，9月～11月氣候相對比較干燥，降雨少，植株的水分含量相對較低，此時開展藥材采收工作，也有利于藥材的干燥保存，方便運輸。草珊瑚藥材采收后在干凈的曬場上曬干，有條件的也可進行烘干，即可作為原料藥材出售。
經初加工的草珊瑚藥材應用清潔、透氣的包裝袋包裝。包裝上應有清晰、牢固的標識，標識的內容含生產單位、產地、品種名稱、采收日期、包裝日期、聯系方式等。藥材經包裝后應放置在干燥、陰涼、通風處貯藏。運輸藥材的工具必須清潔、干燥、無異味、無污染，運輸過程中應注意防雨、防潮，同時不得與其它有毒、有害、有污染、易串味的物質混裝。
草珊瑚剛從野生轉為家種，抗病蟲能力較強，目前尚未發現為害較重的病蟲害，無需防治。但如果田間遮蔭條件差、在陽光強烈的夏季，會出現葉片灼傷現象，葉尖或葉綠出現斑枯，嚴重的全葉枯焦。可采用灌水降溫、改善遮蔭條件等措施，以減輕為害。