中央空調能保證向房間輸送新風，使房間始終保持空氣清新、衛生。但分體空調無法送入新風，故難以確保空調房間空氣的新鮮度；而如果通過開門、窗通風換氣，則冷量就會大量損失，這不僅影響房間溫度，而且浪費了能源。
分體空調運行管理靈活方便，且運行費用低于中央空調。中央空調制冷站雖可直接控制制冷機的開停時間和冷量大小，可根據氣候變化進行調整，但只要有1個末端在用，空調主機必須開啟。而分體空調如果只想開一個房間的話，只要開啟相應房間的空調設備，其運行電費就小于中央空調。
中央空調可與裝修施工密切配合實現豪華、明快之效果。中央空調管路和設備均可隱蔽在吊頂內，使不同功能的房間的裝修做到各種造型的布局，實現現代建筑裝修的特殊效果，給人以高雅、豪華、明快、舒適之美感。但分體空調的風冷式室外機須零散的懸掛在外墻上或裝于室外地面上，影響外裝修效果，而室內機則須掛在內墻上或安放在地面，又占用了室內空間，這無形中減小了房間的使用面積。
空調運行會發出一定的噪音，但是，如果噪音過大，則有可能是安裝不當造成的。在安裝時內機墻板沒有釘牢，內機沒有固定死，就容易導致噪音過大現象的出現。這種情況，安裝人員通過試機，很容易發現并改正該問題。