工程審計是指審計機構依據國家的法令和財務制度、企業的經營方針、管理標準和規章制度，對工程項目的工作，用科學的方法和程序進行審核檢查，判斷其是否合法、合理和有效，以及發現錯誤、糾正弊端、防止舞弊、改善管理，保證工程項目目標順利實現的活動。工程審計獨立于項目組織之外，審計人員與項目組織無任何直接的行政或經濟關系。
工程審計是依據國家《審計法》等相關規定，對工程概、預算在執行中是否超支，有無隱匿資金、截留基建收入和投資包干結余，以及有無以投資包干結余的名義私分基建投資的違紀行為等。審計是以基建項目為標的，以會計師、審計師為主要從業人員。
工程審計包括兩大類型：工程造價審計和竣工財務決算審計
造價審計一般是對單項、單位工程的造價進行審核，其審計過程與乙方的決算編制過程基本相同，即按照工程量套定額。這由造價工程師完成。
對于建設單位來說，由于造價審計只是審核單項、單位工程的合同造價，一個建設項目的總的支出是由很多單項、單位工程組成的，而且還有很多支出比如前期開發費用、工程管理雜費等是不需要造價審計的，所以還要有一個竣工財務決算審計，就是將造價工程師審定的，和未經造價工程師審核的所有支出加在一起，審查其是否有不合理支出，是否有擠占建設成本和計劃外建設項目的現象等，來確定一個建設項目的總的造價。這由注冊會計師完成。