甲醛的主要危害表現為對皮膚粘膜的刺激作用。甲醛在室內達到一定濃度時，人就有不適感。大于0.08 mg/m3的甲醛濃度可引起眼紅、眼癢、咽喉不適或疼痛、聲音嘶啞、噴嚏、胸悶、氣喘、皮炎等。新裝修的房間甲醛含量較高，是眾多疾病的主要誘因。
急性毒性：
LD??：800mg/kg（大鼠經口），2700mg/kg（兔經皮）；LC??：590mg/m3（大鼠吸入）。
人吸入60～120mg/m3，發生、肺部嚴重損害。
人吸入12～24mg/m3，鼻、咽黏膜嚴重灼傷、流淚、咳嗽；人經口10～20mL，致死。
甲醛濃度過高會引起急性中毒，表現為咽喉燒灼痛、呼吸困難、肺水腫、過敏性紫癜、過敏性皮炎、肝轉氨酶升高、黃疸等。
致突變性：
微生物致突變：鼠傷寒沙門氏菌4mg/L。哺乳動物體細胞突變：人淋巴細胞130 μmol/L。姊妹染色體交換：人淋巴細胞37pph。
2010來發現，甲醛能引起哺乳動物細胞核的基因突變、染色體損傷、八斷裂。甲醛與其他多環芳烴有聯合作用，如與苯并芘的聯合作用會使毒性增強。
危險特性：
其蒸氣與空氣形成爆炸性混合物，遇明火、高熱能引起燃燒爆炸。若遇高熱，容器內壓增大，有開裂和爆炸的危險。
燃燒（分解）產物：一氧化碳、二氧化碳。
相對濃度危險度
當甲醛濃度在每立方米空氣中達到0.06-0.07mg/m3時，兒童就會發生輕微氣喘；
當室內空氣中甲醛達到0.1mg/m3時，就有異味和不適感；
甲醛達到0.5mg/m3時，可刺激眼睛，引起流淚；
甲醛達到0.6mg/m3，可引起咽喉不適或疼痛。濃度更高時，可引起惡心嘔吐，咳嗽胸悶，氣喘甚至肺水腫；
甲醛達到30mg/m3時，會立即致人死亡。