甲醛的主要危害表現為對皮膚粘膜的刺激作用。甲醛在室內達到一定濃度時，人就有不適感。大于0.08 mg/m3的甲醛濃度可引起眼紅、眼癢、咽喉不適或疼痛、聲音嘶啞、噴嚏、胸悶、氣喘、皮炎等。新裝修的房間甲醛含量較高，是眾多疾病的主要誘因。
致突變性：
微生物致突變：鼠傷寒沙門氏菌4mg/L。哺乳動物體細胞突變：人淋巴細胞130 μmol/L。姊妹染色體交換：人淋巴細胞37pph。
2010來發現，甲醛能引起哺乳動物細胞核的基因突變、染色體損傷、八斷裂。甲醛與其他多環芳烴有聯合作用，如與苯并芘的聯合作用會使毒性增強。
有關資料表明：室內空氣污染比室外高5～10倍，污染物多達500多種。室內空氣污染已成為多種疾病的誘因，而甲醛則是造成室內空氣污染的一個主要方面。
甲醛對健康危害主要有以下幾個方面：
a、刺激作用：甲醛的主要危害表現為對皮膚黏膜的刺激作用，甲醛是原漿毒物質，能與蛋白質結合、高濃度吸入時出現呼吸道嚴重的刺激和水腫、眼刺激、。
b、致敏作用：皮膚直接接觸甲醛可引起過敏性皮炎、色斑、壞死，吸入高濃度甲醛時可誘發支氣管。
c、致突變作用：高濃度甲醛還是一種基因毒性物質。實驗動物在實驗室高濃度吸入的情況下，可引起鼻咽腫瘤。
d、突出表現：、頭暈、乏力、惡心、嘔吐、胸悶、眼痛、嗓子痛、胃納差、心悸、、體重減輕、記憶力減退以及植物神經紊亂等。孕婦長期吸入可能導致胎兒畸形，甚至死亡；男子長期吸入可導致男子精子畸形、死亡等。
品紅一亞硫酸法
品紅一亞硫酸法指利用甲醛與品紅一亞硫酸在濃硫酸存在條件下呈藍紫色的特性，用比色定量進行檢測的方法。本法利用的是甲醛的特有反應，其它醛與酚不干擾測定。此法操作簡便、測定范圍寬，但其比色液很不穩定，重現性較差，在測定甲醛含量較低的樣品時，差異較大，度不如乙酰丙酮法，而且品紅一亞硫酸法受溫度影響較大，檢測過程還需濃硫酸，故一般多用于食品中甲醛的定性分析。