甲醛的主要危害表現為對皮膚粘膜的刺激作用。甲醛在室內達到一定濃度時，人就有不適感。大于0.08 mg/m3的甲醛濃度可引起眼紅、眼癢、咽喉不適或疼痛、聲音嘶啞、噴嚏、胸悶、氣喘、皮炎等。新裝修的房間甲醛含量較高，是眾多疾病的主要誘因。
致突變性：
微生物致突變：鼠傷寒沙門氏菌4mg/L。哺乳動物體細胞突變：人淋巴細胞130 μmol/L。姊妹染色體交換：人淋巴細胞37pph。
2010來發現，甲醛能引起哺乳動物細胞核的基因突變、染色體損傷、八斷裂。甲醛與其他多環芳烴有聯合作用，如與苯并芘的聯合作用會使毒性增強。
致癌性：
IARC的致癌性評論曾為“動物陽性；人類不明確”，后經過進一步研究，在2006年確定為1類致癌物（即對人類及動物均致癌——"sufficient evidence of carcinogenicity"）。
研究動物發現，大鼠暴露于每立方米15μg甲醛的環境中11個月，可致鼻癌。美囯囯家癌癥研究所2009年5月12日公布的一項研究成果顯示，頻繁接觸甲醛的化工廠工人死于血癌、淋巴癌等癌癥的幾率比接觸甲醛機會較少的工人高很多。研究人員調查了2.5萬名生產甲醛和甲醛樹脂的化工廠工人，結果發現，工人中接觸甲醛機會最多者比機會最少者的死亡率高37%。研究人員分析，長期接觸甲醛增大了患上霍奇金淋巴瘤、多發性骨髓瘤、骨髓性白血病等特殊癌癥的幾率。
甲醛還來自生活的其它方面。
1；甲醛可來自化妝品、清潔劑、殺蟲劑、劑、防腐劑、印刷油墨、紙張等。
2；泡沫板條作房屋防熱、御寒與絕緣材料時，在光與熱的作用下，泡沫老化、變質產生合成物而釋放甲醛。
3；烴類經光化合作用能生成甲醛氣體，有機物經生化反應也能生成甲醛，在燃燒廢氣中也含有大量的甲醛，如每燃燒1000L汽油可生成7kg甲醛氣體，甚至點燃一支也有0.17mg甲醛氣體生成。
4；甲醛還來自于車椅座套、坐墊和車頂內襯等車內裝飾裝修材料，以新車甲醛釋放量最突出。
5；甲醛也來自室外空氣的污染，如工業廢氣、汽車尾氣、光化學煙霧等在一定程度上均可排放或產生一定量的甲醛。