太陽能熱水器用久了就容易起水垢，在水箱內部以及真空管的管口處都有可能是厚厚的一層，像煤渣一樣，堆起來滿滿的一坨。水垢的熱傳導能力很差，僅不及鐵、銅金屬或玻璃的1%，水吸收熱量下降，真空管中由于水側面水垢的熱阻隔，使水的吸熱量不足，水的溫度難以升高。另外，水垢會使金屬管壁局部過熱，當壁溫超標時，就會使其局部變形、鼓包甚至破裂。
1.在為太陽能熱水器除垢的時候，先要將熱水器的進水口打開，之后倒入除垢液，除垢液的用量需要根據太陽能的容量而定。
2.使熱水器自然循環30分鐘左右，這時除垢液就會均勻的接觸到熱水器各個部位。
3.打開熱水器的排水口，將除垢液排出，再往水箱中加入水，循環一次之后再次將水排出，然后拔出太陽能熱水器的真空管。
4.在拔出真空管之后，我們將真空管中的水垢倒出，然后單獨對真空管進行清潔。這時將除垢液倒入真空管中，對真空管多次進行清潔，直到真空管中的水垢被清潔干凈。
5.太陽能熱水器真空管的水垢清潔干凈之后，重新將其安裝在熱水器上，然后加水放水進行清潔，直到清洗工作完成。
