經過接種的香菇菌棒，在高溫季節來臨前，應選擇通風散熱條件好的場所完成菌棒的散堆，移堆工作。在高溫期間，嚴禁翻動菌棒，以防香菇菌棒受振動而增加菌絲呼吸作用而使堆溫上升，引起"燒菌"。
越夏菌棒在高溫期間，禁止對菌棒進行割袋，刺孔，以防空氣進入菌棒內部，增加菌絲呼吸作用而使堆溫上升，引起"燒菌"。
在發菌期間要做到勤檢查，一旦發現有爛棒要及時進行處理、，以防病菌蔓延造成損失。一般在香菇菌棒感染腐爛前期可采用挖除腐爛塊、點的辦法進行處理。處理后用生石灰加適量水調成漿狀涂在創口部，進行處理即可。對于一些已全部"燒菌"的菌棒，要及時進行脫袋曬料，以便重新利用。